Almanya eyalet sistemi ile yönetilen bir devlet olduğundan ve üniversiteler özerk kurumlar olduklarından yükseköğretim sistemi eyaletlere göre farklılıklar göstermektedir. Bununla birlikte, ana hususlar hemen hemen ortaktır.
Alman yükseköğretim sistemi Üniversite (Universität) ve Yüksek Okul (Fachhochschule) kavramları üzerine inşa edilmiştir.
Yükseköğretimin omurgasını teknik üniversite (technische universität), klasik üniversite ve yüksek okul olmak üzere üç çeşidi bulunan üniversiteler oluşturur. Yüksek okul daha çok piyasadaki kalifiye personel ihtiyacını karşılamak için mesleki odaklı lisans eğitim veren üniversitelerdir.
Üniversitelerde lisans eğitimi (Bechalorstudium) 6 sömestr (3 yıl) sürer. Üniversitelerde 4 sömesetrlik temel eğitim‘den (Grundstudium) sonra genellikle bir ara sınav (Zwischenprüfung) yapılır. Bu sınavda başarılı olan öğrenciler 2 sömester sürecek olan Ana Eğitim sürecine başlarlar. Bu aşamada öğrenciler okudukları bölüme odaklanarak bu alanda uzmanlaşırlar.
Üniversitelerden mezun olmak için bitirme tezi (diplomarbeit) yazılması gerekir. Tüm derslerini başarı ile tamamlayan ve bitirmi tezi kabul edilen öğrenci mezun olur. Öğretmenlik, hukuk gibi bazı bölümlerde bitirme sınavı (abschulussprüfung-Staatsexam) bulunur ve mezun olmak için öğrencilerin bu sınavdan başarılı olmaları istenir.
Yüksek lisans eğitimi ise 2-4 sömestr sürer. Doktora programlarında öğrencilerin genellikle en geç 3 yıl içerisinde mezun olması istenir. Ancak mezun olunamaması durumunda kayıt silme gibi durum gerçekleşmez, öğrenciden gecikmenin nedenini izah etmesi istenir.